1、藥物：目前已知約有2%-3%的先天性畸形，是由藥物所引起的。容易引起畸形的藥物包括：男性荷爾蒙、酒精、某些抗生素、抗凝血劑、抗癲癇藥、抗癌藥、鎮(zhèn)定劑等。這些藥物影響所造成的畸形不盡相同，但常發(fā)生在腦部、心血管、面部和泌尿生殖系統(tǒng)。

　　2、先天性的胎內感染：例如麻疹、梅毒等。麻疹的胎內感染率及致畸形率，在懷孕頭三個月最高，常會導致孩子白內障、心臟病及聽覺異常。在胎內感染中，最常見的是濾過性病毒(如以上二者)，但目前尚未發(fā)現(xiàn)有濾過性病毒引起的流行性感冒導致先天性胎兒畸形的病例。

　　3、化學物質的污染：例如鉛、汞等，均是常見的畸胎原，易導致胎兒生長遲緩、神經系統(tǒng)及智力發(fā)展上的障礙。這種污染常見于被工業(yè)廢水污染的河川，化學物質會滲入水產類食物，由準媽媽食用而造成胎兒畸形。

　　4、放射線：它的致畸效應，常視放射線的劑量而定。一般的胸部X光照射，并不足以引起胎兒畸形，但累積的劑量越多，或照射的部位越靠近子宮的話，畸形的危險性越高。至于電腦顯示器的幅射量，是否會造成畸形，目前正在研究中，為以防萬一，還是少用電腦、手機為好。

　　5、咖啡因：在懷孕前三個月，每天喝超過三杯的咖啡或茶，會使流產的機率增加一倍！因為茶和咖啡都含有咖啡因，與流產及生出畸形兒有極大的關系。由于胎兒的肝臟尚未成熟，不能快速地代謝掉咖啡因，而咖啡因會加快胎兒心跳速率及新陳代謝速度，因此對胎兒有不良影響；此外，咖啡因也會降低母體血液流入子宮的速度，使供給胎兒的血中氧氣量與養(yǎng)分降低，影響胎兒的發(fā)育。再加上咖啡因有利尿的作用，使原本已經尿頻的準媽媽更加不方便，同時咖啡因還會造成鈣質的流失，并影響鐵質的吸收。