當時，多家媒體報道的“結石寶寶”的政府補償標準是：死亡病例補償20萬元，重癥病例補償3萬元，普通癥狀補償2000元。

　　2009年2月時，北京市勞動和社會保障局公布了由人力資源和社會保障部、衛生部、中國保險監督管理委員會三部委聯合下發的《關于做好嬰幼兒奶粉事件患兒相關疾病醫療費用支付工作的通知》（下稱《通知》），為保障因食用含三聚氰胺嬰幼兒配方奶粉而患病嬰幼兒的權益，由對此次事件負有責任的企業出資建立患兒醫療賠償基金，并委托中國人壽保險股份有限公司代管，對患兒急性治療終結后到18周歲以前可能發生的與此相關的疾病給予免費治療。

　　《通知》同時稱，只有在發生與食用含三聚氰胺嬰幼兒配方奶粉而致泌尿系統結石相關的疾病，比如殘留結石及其合并癥、結石梗阻后遺疾病、腎衰及其合并癥、術后合并癥、尿路上皮癌等，可在兒童醫院、婦幼保健院和二級以上綜合醫院進行治療。

　　“治療大概花了1萬多元，有一天有個人打電話讓我去一個賓館領錢，我去了后發現有衛生局的人，也有協會的人。”郭彩云回憶說，2009年，相關部門通知她去領取結石患兒賠償金，當時排了很長的隊，排到跟前時，她聽到好多家長議論，說賠償金額是2000元。她覺得太少了，沒有領，直接回家了。

　　郭彩云稱，此后每年都有自稱經信委的人打電話給她，要她去領錢，她都回答說金額太少，不領。

　　“現在過去時間太久了，維權也找不到人了，只是心里得不到安撫。”郭彩云一邊哄孩子去看動畫片，一邊無奈地對記者說道。

　　而重慶的李豐是一個7歲男孩的父親，他也沒想到，5年前花幾萬元給孩子購買的高檔奶粉，竟然讓孩子得了病。為了給孩子排石，他曾求助中醫，甚至用過鄉下的土方子。

　　李豐也沒有領那2000元賠償金，他說他“肯定不會要”，孩子患病后，除了這2000元外，沒有得到其他任何補償，唯一一次“報銷”經歷，是家長們組織給他捐助的一筆檢查費用，時間是前年，金額約300元。李豐告訴記者，那是家長自發組織募集來的捐款，主要來自民間或是經濟條件較好的家長，總共也沒募到多少錢，大概幾萬元的樣子。

　　“我希望政府牽頭成立一個基金，解決孩子們眼前這些實際問題。”李豐說道。

　　同樣沒有領取2000元賠償金的，還有朱陽。他對記者說，他覺得2000元賠償金沒什么意義，他認為有意義的，是給孩子未來提供保障，如國家牽頭成立一個醫療研究小組，專門跟蹤治療那些患兒。