繼發性痛經往往是由于一些體內臟器病變所致。如子宮內膜異位癥、子宮肌腺癥、慢性盆腔炎、子宮畸形等。

子宮內膜異位癥引起的痛經可首選非甾體抗炎藥或口服避孕藥，療程一般不少于六個月，用法同原發性痛經。如果療效不佳，可改用促性腺激素釋放激素類似物治療，每次皮下或肌肉注射一針，每四周注射一次，療程為六個月。如患者暫時無生育要求且不宜長期口服藥物時，可選擇宮內放置左炔諾孕酮宮內緩釋系統(又稱曼月樂，一種宮內節育器)，或緩釋孕激素的陰道環，既達到減輕痛經的目的，又可明顯減少月經量。如患者有生育要求，且盆腔內有較大的子宮內膜異位囊腫，應首選腹腔鏡下的微創手術治療