病毒性腦膜炎通常是急性起病，有劇烈頭痛、發熱、嘔吐、頸項強直、典型的腦膜刺激征如Kernig征陽性，并有全身不適、咽痛、畏光、眩暈、精神委靡、感覺異常、肌痛、腹痛及寒戰等。另外，部分患者還會出現咽峽炎、視力模糊等癥狀。

如果是腸道病毒感染，還會出現皮疹，大多與發熱同時出現，持續4～10天。柯薩奇A5、9、16病毒和ECHO4、6、9、16、30病毒感染，皮膚典型損害為斑丘疹，皮疹可局限于面部、軀干或涉及四肢，包括手掌和足底部。柯薩奇B組病毒感染可有流行性肌痛（胸壁痛）和心肌炎。臨床神經系統損害癥狀較少見，偶爾發現斜視、復視、感覺障礙、共濟失調、腱反射不對稱和病理反射陽性。重者可出現昏睡等神經系統損害的癥狀。

病毒性腦膜炎的早期癥狀和感冒時差不多的，病人會出現發熱、全身酸痛、食欲差等癥狀，隨著病情發展，會出現嗜睡、抽搐等神經系統表現。隨著病情的發展，就可能出現淺昏迷、過度興奮等情緒行為的改變。因為這種疾病一般見于兒童，所以家長一定要密切觀察孩子的癥狀，一有異常就要及時反饋給醫生。因為在病情較輕時治療，發生腦部損傷，留下后遺癥的可能性就越小。

病情輕重差異很大，取決于病變主要是在腦膜或腦實質。重癥腦炎更易發生急性期死亡或后遺癥。