芹菜最好不與蝦、海米、醋、黃瓜、南瓜、蛤蜊、雞肉、兔肉、鱉肉、黃豆、菊花、蟹、蜆、毛蚶同食。

芹菜性涼質滑，脾胃虛寒、腹瀉者不宜多食；芹菜有降血壓功效，血壓偏低者不宜多食。

婚育期男士應少吃芹菜，因為常吃芹菜能減少男性精子的數量，準備生育的男性最好就是忌食芹菜。

芹菜不宜過量食用。芹菜屬光敏性的蔬菜，人吃了這些蔬菜后，體內的光敏性物質達到一定濃度時，經過陽光照射，就容易導致光敏性物質代謝障礙，可能導致皮炎。

芹菜與黃瓜不宜同食，芹菜含有豐富的維生素C，黃瓜含有維生素C分解酶，兩者同食，芹菜的營養價值會降低；芹菜不宜和兔肉同食，會引起頭發脫落；與雞肉同食，會傷元氣；與甲魚同食，會引起中毒。