青檸檬和黃檸檬完全是兩個不同的品種，黃檸檬會隨著成熟而變成黃色，但是青檸檬自始至終都是青色的。黃檸檬的表皮紋理比較粗糙，可以聞到一股濃郁的清香，而青檸檬是青色的，表皮十分光滑，有一股清淡的檸檬香氣。

在營養成分上對比，青檸檬和黃檸檬基本是差不多的，只是青檸檬中的檸檬酸和維生素C含量更高，所以導致它的口感更加酸澀。

黃檸檬主要長在北方，國外也大多是黃檸檬，用在西餐上較多，有去腥和提鮮的作用，而青檸檬主要見于南方，東南亞也喜歡使用青檸檬入菜，適合他們酸、辣的口味，青檸檬由于皮薄，經常被用來制作酸味濃郁的果汁飲料。