對于小蔥拌豆腐的爭議有很多，有人說小蔥拌豆腐有礙于營養的吸收，因為豆腐中含有豐富的蛋白質、鈣等營養成分。而蔥含有大量草酸，當豆腐與蔥相拌時，豆腐中的鈣與蔥里的草酸結合形成白色沉淀物草酸鈣，使豆腐中的鈣質遭到破壞。草酸鈣是使人體難以吸收的物體，如果長期食用小蔥拌豆腐將會造成人體鈣質缺乏導致抽筋、軟骨癥等現象。

經營養學家研究認為：豆腐含鈣，小蔥含草酸，二者融合生成白色沉淀物――草酸鈣，不易被人體吸收。這不僅破壞了豆腐的營養價值，而且還可能在體內形成結石，危害人體健康。

但是也有另一種說法，長期食用小蔥拌豆腐不易得草酸鈣結石。因為絕大多數植物當中都含有草酸。在家庭餐桌上常見的蔬菜當中，草酸含量最高的自然是菠菜，小蔥的草酸含量比較低，甚至是微不足道。草酸的威脅，不僅在于影響鈣的吸收，更多的人擔心它引起結石。許多醫學研究發現，食物中的草酸吸收之后，尿液中的草酸排泄量也會明顯上升。長期大量地排泄草酸，可能會增加草酸鈣結石的危險。因此，經常吃富含鈣的食品，才是減少腎結石發生的重要膳食措施。應當在吃蔬菜的同時多吃豆制品、芝麻醬、奶類等富含鈣的食物，因為讓草酸和鈣在鍋中結合沉淀，或者在消化道中結合而產生沉淀，就會減少草酸的吸收。如果按照吃低鈣飲食的方法，把富含鈣的食物和草酸截然地分開，反而會制造更多的機會讓草酸被人體吸收，增加體內形成草酸鈣的幾率。