甲魚雖然具有豐富的營養價值，但在食用甲魚時也要注意甲魚與其他食物的相克性：　

甲魚不宜與桃子、莧萊、雞蛋、豬肉、兔肉、薄荷、芹菜、鴨蛋、鴨肉、芥末、雞肉、黃鱔、蟹一同食用。

甲魚與豬肉：因為豬、兔、鴨之肉都屬寒性，而甲魚也屬寒性，所以二者不宜配食。

甲魚與莧菜：莧菜味甘，性冷利，令人冷中損腹，而甲魚亦性冷，二者同食難以消化，可能會形成腸胃積滯。

甲魚與芥末：芥末氣味辛熱，能溫中利氣，白芥末辛烈更甚。與甲魚肉同食，冷熱相反，于人不利。所以甲魚不宜加芥末作為調味品。

甲魚與鴨蛋：鴨蛋性屬微寒，而甲魚也是寒性食物，所以從食物藥性學角度來說，二物皆屬涼性，不宜同食，特別是對素質虛寒的人來說，更應忌同食。

甲魚與芹菜：二者同食可使蛋白質變性影響營養吸收。

甲魚與橘子：甲魚富含蛋白質，橘子中含有果酸，二者同食，會使蛋白質與果酸結合，使蛋白質凝固，不易吸收。

甲魚與黃鱔、蟹：孕婦忌食，吃了會影響胎兒健康。

死甲、變質的甲魚不能吃;煎煮過的鱉甲沒有藥用價值。

生甲魚血和膽汁配酒會使飲用者中毒或罹患嚴重貧血癥。