雖然短期避孕藥可以有效的進行避孕，但是對人體健康也有一定過多影響，尤其是長期服用的話，會對人體健康造成損傷，不建議長期服用。一般來說，口服短期避孕藥能夠有效避孕，還能預防異味妊娠和卵巢癌，但如果服用超過兩年可能會出現高血脂、體重增加等情況。

服用短期避孕藥可能會對女性的新陳代謝產生影響，如果糖尿病患者服用可能會增加高血糖癥的風險，但如果停止服用的話則會恢復正常，不良的反應也會自行緩解。因此建議短期避孕藥服用一年不要超過三次。