羊膜穿刺并不是做的越多越好，在一定程度上還會有一定的風險，因此孕媽媽在了解寶寶狀態的時候也要了解羊膜穿刺的風險程度。

羊膜穿刺術已被用于30年的產前診斷。無論診斷的準確性和安全性，它都得到了醫學界的認可。羊膜穿刺術的困難因人而異，主要與胎盤的位置，胎位，穿刺部位的羊水量以及胎兒活動有關。大約2％到3％的懷孕媽媽在穿刺后會有輕微的子宮收縮和陰道流血，通常在休息或胎兒治療后緩解。只有約0.5％的懷孕媽媽會患有羊膜炎癥，破膜和流產。

由于穿刺目前是在超聲引導下完成的，因此對胎兒的損害可能很小。此外，羊膜穿刺術用于妊娠16周至22周的胎兒產前診斷，此時胎兒的胎體，四肢等已完成，因此不會造成胎兒畸形。可能有陰道血液，羊水溢出或子宮持續收縮，約有2％的孕婦發生這種情況。通常不需要特殊治療，對妊娠過程無不良影響。與羊膜穿刺手術有關的自然流產約占0.3％至0.5％。