辦理港澳通行證，要先在網上填寫各人資料，然后再預約現場辦理時間，這里就有京籍和非京籍兩種情況。
　　（一）、京籍辦理港澳通行證主要流程如下：
　　a登陸北京市公安局網站（網址為www.bjgaj.gov.cn）--出入境辦事大廳；
　　b選擇辦理出入境業務的種類；
　　c填寫個人基本信息和申請信息；
　　d在線預約現場辦理出入境證件的地點和時間，生成預受理號碼并可在線打印申請表格。沒有打印條件的申請人，可憑預受理號碼到預約辦證地點，使用自助填表機打印申請表。
　　e需要注意的是，網上預申請無法通過初審的，申請人須到現場排隊遞交申請。
　　（二）、非京籍辦理港澳通行證主要流程如下：
　　1、辦理條件：
　　a非京籍在京就業人員、在京高等院校在讀非京籍大學生。
　　b上述人員的配偶（屬于登記備案的國家工作人員除外）及未滿16周歲子女（均須在京居住滿6個月）。
　　c本市戶籍人員非京戶籍的配偶及未滿16周歲子女。
　　d非本市戶籍且在京居住滿6個月的人員（屬于登記備案的國家工作人員除外）；非本市戶籍60周歲（含）以上且在京居住滿6個月（含）以上的人員（屬于登記備案的國家工作人員除外）。
　　2、辦理流程：
　　a申辦出入境證件須先登錄北京市公安局網站進行預申請（應邀赴臺除外）。預申請完成后可在48小時后登陸網站查詢初審結果。
　　b初審結果30日有效，申請人通過初審的，請及時預約，并于預約時間到達選定的出入境接待大廳，按照現場辦證流程提示完成現場申請。
　　c申請人對初審結果有異議的，請先根據初審結果自行核對填報信息，無誤后可重新在網上提交申請。再次申請不通過的，由本人持二代居民身份證到出入境管理總隊申請現場復核。 復核結果為最終審核結果，復核不通過的，申請人須回戶籍地辦理出入境證件。
　　d、出入境證件的申請由申請人戶籍所在地公安機關出入境管理機構審批。被告知不予簽發出入境證件的申請人依法享有在戶籍所在地申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。
　　（三）辦理港澳通行證所需時間
　　對于港澳通行證辦理需要的時間有兩種情況：一、現場遞交申請的北京市戶籍居民時限為10個工作日；二、通過網上預申請的時限為8個工作日（自遞交申請后第二個工作日開始計算，特殊情況除外）。出入境證件辦證進度可登陸北京市公安局網站“出入境辦事大廳”查詢。