根據科學研究證明，堿性磷酸酶高的主要原因主要有以下幾點：

1、某些藥物導致。

臨床患者采用抗生素（紅霉素、慶大霉素、氯霉素、卡那霉素、氨芐青霉素等）進行治療時，會導致堿性磷酸酶偏高，同時，用巴比妥類藥物治療時也會出現堿性磷酸酶偏高。像這種藥物導致的堿性磷酸酶偏高，一般是不需要進行特殊的治療，停藥后即恢復正常。

2、骨骼疾病。

由于骨組織中堿性磷酸酶也很活躍，因此如果有骨骼疾病的患者會出現堿性磷酸酶偏高。如：佝僂病、軟骨病、骨折愈合期、骨質疏松、骨惡性腫瘤、惡性腫瘤骨轉移等骨骼疾病的患者一般會出現堿性磷酸酶偏高。

3、肝膽疾病。

由于肝臟細胞中堿性磷酸酶最多，因此如果肝膽出現問題，堿性磷酸酶偏高是必然的。臨床如：阻塞性黃疸、病毒性肝炎、肝癌（原發性、繼發性）、肝硬化、膽汁淤積性肝炎等都可引起堿性磷酸酶偏高。

4、懷孕期間。

臨床孕婦也會出現堿性磷酸酶偏高的現象，導致孕婦堿性磷酸酶偏高的原因是孕婦的新陳代謝增強，導致肝臟不甚重負，從而使肝功能出現障礙，導致堿性磷酸酶偏高。

5、其他不常見疾病。

其他一些不常見的疾病也可以導致堿性磷酸酶偏高。如：白血病、甲狀腺機能亢進、腎小管性酸中毒、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、骨細胞瘤、骨肉瘤等可引起堿性磷酸酶偏高。