兒童常見感冒后引起急性中耳炎，長期鼻炎鼻竇炎以及腺樣體肥大也是急性中耳炎的好發原因。絕大多數的兒童分泌性中耳炎的病因也是長期鼻炎鼻竇炎以及腺樣體肥大引起的。慢性中耳炎常繼發于急性中耳炎，外耳和鼓膜的外傷也可引起慢性中耳炎，鼓膜置管后細菌經鼓膜通氣管進入中耳也會引起慢性中耳炎。

同時，大部分兒童中耳炎的病因都在于咽鼓管功能障礙，咽鼓管一端開口于鼻腔后方鼻咽部的側面，另一開口位于中耳腔，正常情況下咽鼓管的開放維持中耳炎的正常壓力，同時咽鼓管的纖毛運動將中耳腔的液體和細菌排出中耳炎。當鼻腔鼻咽部病變時，咽鼓管口受壓，失去正常生理功能，引起各型中耳炎。兒童咽鼓管較成人短、平，咽鼓管肌肉收縮無力，軟骨彈性較差，咽鼓管軟骨段管壁容易塌陷，因此發病率較成人為高，腭裂患兒更易患中耳炎。