紅芡實本質上就是成熟芡實未剝皮制干而成，而芡實皮堅硬生澀，是不適合食用，也沒有食用價值，所以在食用紅芡實的時候都要剝掉表皮。普通家庭使用是可以買一個專門用于剝皮的小指套。現在市面上有專門剝芡實皮的小指套，費用低又方便實用，戴在手指上，用尖的一頭在殼上輕劃一下，殼剝開了，芡實就自然的掉落下來。煮紅芡實前要先用水泡發，而且不能放入沸水中煮，否則難以煮熟。

如果是種植戶需要大量剝皮的話，可以采用機器剝皮的方式。芡實剝皮機一般采用旋轉式剝皮方法，既能快速使殼肉分離又不傷害到芡實肉，體積小，操作簡單，節省了大量的加工時間，適合家庭加工作業。

不過機器剝皮容易碾碎芡實，加工得到的芡實質量較差，價格也不高，所以有些種植戶仍采用傳統的剝皮方法。傳統的方法是將果實攤于打谷場上，先用木杵連續敲打，使果殼出現裂痕并破碎，然后再裝入筐簍內用腳踩，讓種子外部的薄膜自然脫落，裂出種子，用水淘凈后曬干即是可食用的芡實。