百日咳桿菌侵入呼吸道后，附著在呼吸道上皮細胞的纖毛上繁殖并產生內毒素，引起纖毛運動障礙和纖毛細胞的破壞。支氣管粘膜廣泛炎癥，粘液分泌物增多，纖毛損傷：積聚的分泌物不斷地刺激呼吸道神經末梢，刺激傳入至大腦皮層，反射地引起痙攣性咳嗽在大腦皮層咳嗽中樞形成了興奮灶。因此在恢復期或病愈數月后，由于哭鬧等因素仍可誘發百日咳樣咳嗽。 >>春季寶寶護理需留心 謹防幼兒百日咳

1、不少寶寶沒有及時接種或沒能全程接種預防疫苗(百白破三聯疫苗)，有人因為這種疫苗的副作用較大而不愿意接種。

2、百日咳桿菌“適應”了百日咳疫苗，產生了“免疫抵抗”，使原來的疫苗失去效用。

3、引起百日咳病癥的病原菌更為復雜了，除了百日咳桿菌外，還有副百日咳桿菌也能引起百日咳樣癥狀。