雖然蠶蛹的保健功能很強大，但是蠶蛹若是處理不當，就有極大的可能會引起食物中毒，有時甚至會危及生命。蠶蛹中毒的原因有很多，一方面健康的蠶蛹由于時間紡織久，其體內就會有雜菌污染、繁殖、發酵、霉變，蠶蛹也就成了“毒蛹”。另一方面，某些蠶蛹本身就會帶有一種由蠶卵、蠶糞傳播的變形蟲體病。再有，有的蠶蛹中的霉菌、細菌、寄生蟲等生長繁殖已成氣候，經過處理也不易消失。而這些毒素將使蛹體蛋白變性，并且會分解產生毒素，一些人對毒素敏感性強，就餐前還空腹，對毒素就會吸收得多，進而造成中毒的后果。如果邊吃蠶蛹邊喝酒，中毒情形將更嚴重。